Sungai Charok Koksan berpunca di Bukit Koh Mai (Bahasa Thai: เขาไหม้ใหญ่code: th is deprecated ; RTGS: Khao Mai Yai), dengan anggaran ketinggian dari atas min aras laut mencecah 400–410 meter (1,312.3–1,345.1 ka). Sumber sungai Charok Koksan terletak di barat kawasan perkampungan Kampung Seraya di Mukim Batang Tunggang Kiri, dan terletak berdekatan dengan sumber saliran lain seperti Charok Pumuk dan Charok Kabu.[3][4] Charok Koksan akan bergerak ke penamatnya dengan pergerakan melengkung ke barat daya, kemudian menuju ke hilirnya ke arah selatan, dengan menelusuri kawasan perhutanan dalam Hutan Simpanan Kekal (HSK) Koh Mai. Sebelum tamat di pertemuan antara Sungai Agon (atau Sungai Agong), Charok Koksan akan membengkok ke barat. Charok Koksan bermuara di kawasan Kampung Pumok, di ketinggian dari aras laut iaitu 154 meter (505.2 ka).[3][4]